Вариант 1. На скорую руку и эффективно. Чтобы не вдаваться в глубокие подробности, для решения задачи можно использовать фреймворк. Например Slim. Он легкий и достаточно простой в освоении и в нем как раз реализована из коробки та самая Единая точка входа. В документации все достаточно подробно расписано, как строится приложение, как подключается база, как работает роутинг, как подключить шаблонизатор, например twig и многое многое другое. На русском языке.
Вариант 2. Сложный, но можно получить больший опыт. Пишем классы, в том числе и класс для подключения к бд. Кладем их в папку. Единой точкой входа станет, традиционно файл index.php в котором будет использоваться spl_autoload. Чтобы обращаться по различным урлам приложения, а не непосредственно файлам php понадобится роутинг. По данному вопросу опять же есть много информации в сети.
