В прокси-сервере, через который работает Apache.JMeter.
Во включенном отладчике, подключенном к java-машине, выполняющей Apache.JMeter. Или включенном gc-логе.
В том, что логи Apache.JMeter пишутся в сетевую папку. А доступ до неё медленный.
В том, что ответы от сервера слишком большие и для Apache.JMeter не хватает памяти.
В том, что приложение просто медленное.
Или может включена эмуляция ошибок сети, с помощью toxy Proxy, chaos monkey, clumsy.
... десятки вариантов ...
Нужны примеры запросов, описание стенда, нужно больше информации, чтобы указать более-менее точно на причину медленного получения ответов.