Зачем вам на малинке, где и так ресурсов не много, какая-то панелька вообще? (тем более Webmin + Virtualmin это ужас).
Также, разумнее будет использовать nginx + php-fpm, а не apache, из тех же соображений.
Для работы с mysql лучше использовать какой-нибудь mysql клиент через ssh, например, heidisql, или вообще использовать консольный клиент.
Тупит, потому, что с производительностью, мягко скажем, не очень, а при повторном обращении что-то закешировано уже.