можно, но файловые системы не эффективно хранят и обрабатывают большого числа записей, индексацией содержимого этих записей и тд.
БД - это фактически грамотная файловая система, именно предназначенная для хранения специфических данных, только там основная абстракция не фаил, а запись, документ, таблица и тд, по факту это одно и тоже.