В интенте должна быть информация о том, какой экран нужно открыть. А активити должна уметь по этой информации навигироваться между экранами(То есть - открывать нужный фрагмент). Если активити уже открыта, и её не надо перезапускать, то использовать
onNewIntent. При этом надо учесть, что launchMode должен быть соответствующий.