Егор Огурцов, Вы же под каким-то пользователем подключаетесь? Логически, это должен быть пользователь "root" или какой-то иной пользователь, у которого есть права на создание БД. Какие права есть у пользователя - Вы можете посмотреть в самой панельке (ISPManager), по идее (точно не помню, очень давно ей не пользовался, но уверен, что такой функционал там просто обязан быть).
Про создание пользователей можно прочесть тут, про делегирование прав тут, про сами привилегии - тут. Ну... или дать нужные права пользователю через панельку.