В своем приложении вы описываете объекты хранения в виде ООП классов. Далее, при работе с этими объектами в Python, система ORM транслирует объектные взаимодействия в SQL в соответствии с указанным провайдером.
Например,
print(Person[person_id].name) сгенерирует следующий SQL код для SQLite:
SELECT "id", "name", "age"
FROM "Person"
WHERE "id" = ?
Где вместо вопроса подставит указанный person_id. Он выполнится в SQLite, вернет данные в ORM и она уже выдаст нам запрошенные данные в виде объекта
Person, из которого в данном случае мы выводим имя.
И это будет работать так независимо от того, первый раз вы запускаете приложение или сотый.
На официальной странице Pony ORM все довольно понятно расписано в разделе первые шаги:
Getting Started with Pony
Для понимания взаимодействия ORM с базой данных советую включить отладочный режим:
set_sql_debug(True). В это случае в консоль будет выводиться все взаимодействие с БД.