А в чем проблема? Конфигурационные файлы выносятся в какую-то постоянную директорию, а в приложении указываются пути к этим файлам. Эти пути можно передавать через переменные окружение, через параметры контекста Tomcat (conf/context.xml). При помощи
Spring Cloud Config конфигурационные файлы можно вообще держать в git-репозитории и предоставлять доступ к ним через конфиг-серверы.