var phone = document.getElementById('phone'),
button = document.getElementById('button');
button.addEventListener('click', function(e){
e.preventDefault();
this.classList.add('is-done','is-active');
setTimeout(function(){
button.innerHTML = "Ожидайте звонка оператора"
});
});
this
в коллбэке. Это и не должно работать. В порядке хотфикса, замените this
на button
.