В node для MySQL нет стандартных инструментов, их нужно установить, используя npm.
Самый популярный и самый простой вариант:
https://github.com/mysqljs/mysql
Вариант поинтересней (включает в себя систему миграций и query-builder) –
https://github.com/tgriesser/knex
Второй также умеет работать с postgres и sqlite.