1) сформируйте большой запрос, чтобы вставка осуществлялась одним запросом
2) Используйте правильный тип базы данных, подробнее тут: www.mysql.ru/docs/man/Table_types.html
я не совсем понимаю связь с транзакциями, получается выше упомянутым способом произойдет всего одна транзакция?, просто у меня время вставки сократилось с 8 мин до пол секунды. На что же тратилось тогда время, когда происходили отдельные insert в цикле?