Как предовратить утечку,
В смысле утечку? Кражу репозитория с исходниками? Надо шифровать файлы. Желательно на лету. Boxcryptor это умеет делать, правда не знаю может ли он это для индивидуального сервера. Поэтому думаю вам стоит посмотреть в сторону LUKS. Во первых GPL, во вторых программа родная для линукса, следовательно ее можно будет спокойно автоматизировать с помощью bash и cron.
help.ubuntu.ru/wiki/luks_cloud