var head = jQuery("#frame1").contents().find("head");
var css = '<style type="text/css">' + '.container{background:blue}; ' + '</style>';
$(head).append(css);
На моём сайте делаю небольшой скрипт с формой, где можно прописать необходимые стили и цвета - он генерирует CSS с уникальным именем (id). По завершению юзер получает код для вставки на сайт в виде: