Здравствуйте, весьма интересен тот факт. Что Вы описали работу кеша. Хоть при оформлении заказа мало что можно закешировать. Включите режим отладки и проверьте количество запросов в двух вариантах. Возможно это кеш, тогда нужно произвести настройки компонентов. Если есть возможность попробуйте обновить битрикс до 17 версии, только делайте это не на основном сайте, а на его бекапе. Возможно это тоже решит проблему.