как вариант можно на крон поставить скрипт, который раз в час будет снимать статистику
data:~# mysqladmin -p status
Uptime: 883938 Threads: 2 Questions: 211385128 Slow queries: 19117 Opens: 7267 Flush tables: 1 Open tables: 2000 Queries per second avg: 239.140
только надо смотреть в Questions это кол-во принятых запросов. А дальше дело техники, зная предыдущее значение и время между замерами вычисляем кол-во запросов за это самое время.
P.S. если пишите в основном на PHP то mysql_stat()