Не понял как использовать QMAKE_CLEAN. Нашёл другое решение:
Нужно было запустить qmake, чтоб пути к хидерам добавились в make-файлы. Это вообще надо помнить, если сделали правки в .pro-файлы - необходимо запустить qmake. чтоб применить изменения.
sitev_ru, Qt Creator сам запустит qmake после очистки проекта в самом Qt Creator.
А чтобы точно очистился тот самый каталог сборки, который вы вручную очистили, добавьте его в переменную QMAKE_CLEAN += "../Build../*".
Тогда по кнопке "Пересобрать" или "Очистить проект" все само очистится корректно.