Autoremove пытается удалить нужные пакеты в Ubuntu. Как исправить?

Question

[Dubrovin]

Здравствуйте,
на сервере Ubuntu установлен NGINX + PHP-FPM + MariaDB.
при установке и обновлении пакетов система постоянно напоминает, что есть ненужные пакеты, которые следует удалить:

The following packages were automatically installed and are no longer required:
  aspell aspell-en dbconfig-common dbconfig-mysql dictionaries-common emacsen-common fontconfig-config fonts-dejavu-core gcc gcc-5 javascript-common libapache2-mod-authnz-external libapache2-mod-rpaf libapache2-mpm-itk libasan2
  libaspell15 libatomic1 libc-client2007e libc-dev-bin libc6-dev libcc1-0 libcilkrts5 libfontconfig1 libgcc-5-dev libgd3 libgomp1 libitm1 libjbig0 libjpeg-turbo8 libjpeg8 libjs-jquery libjs-sphinxdoc libjs-underscore liblsan0
  libmcrypt4 libmpx0 libquadmath0 libtiff5 libtsan0 libubsan0 libvarnishapi1 libvpx3 libxpm4 linux-headers-4.4.0-21 linux-headers-4.4.0-21-generic linux-headers-4.4.0-75 linux-headers-4.4.0-75-generic linux-headers-4.4.0-78
  linux-headers-4.4.0-78-generic linux-headers-4.4.0-79 linux-headers-4.4.0-79-generic linux-headers-4.4.0-81 linux-headers-4.4.0-81-generic linux-headers-4.4.0-87 linux-headers-4.4.0-87-generic linux-headers-4.4.0-89
  linux-headers-4.4.0-89-generic linux-headers-4.4.0-91 linux-headers-4.4.0-91-generic linux-image-4.4.0-21-generic linux-image-4.4.0-75-generic linux-image-4.4.0-78-generic linux-image-4.4.0-79-generic linux-image-4.4.0-81-generic
  linux-image-4.4.0-87-generic linux-image-4.4.0-89-generic linux-image-4.4.0-91-generic linux-image-extra-4.4.0-21-generic linux-image-extra-4.4.0-75-generic linux-image-extra-4.4.0-78-generic linux-image-extra-4.4.0-79-generic
  linux-image-extra-4.4.0-81-generic linux-image-extra-4.4.0-87-generic linux-image-extra-4.4.0-89-generic linux-image-extra-4.4.0-91-generic linux-libc-dev manpages-dev mlock php-auth php-auth-sasl php-crypt-chap php-db php-gd
  php-gettext php-imap php-intl php-ldap php-log php-mail php-mail-mime php-mail-mimedecode php-mbstring php-mcrypt php-mdb2 php-mysql php-net-ldap2 php-net-ldap3 php-net-sieve php-net-smtp php-net-socket php-phpseclib php-pspell
  php-soap php-tcpdf php7.0-gd php7.0-imap php7.0-intl php7.0-ldap php7.0-mbstring php7.0-mcrypt php7.0-mysql php7.0-pspell php7.0-soap pwauth roundcube-mysql snap-confine
Use 'apt autoremove' to remove them.

Хотя по факту многие из этих пакетов нужные, например, модули PHP 7 типа GD, mysql, mbstring и т.д.
Что нужно сделать, чтобы система понимала, что эти пакеты нельзя удалять?

Answer 1

[Melkij]

Если autoremove предлагает удалить пакет автоматически - значит он был установлен по зависимостям, а теперь от него никто больше не зависит. Или каким-то образом были потеряны флаги о ручной установке этих пакетов.

Пакету можно выставить флаг "установлено вручную" через apt-mark, тогда он не будет удаляться через autoremove.
apt-mark manual имя_пакета

Answer 2

[Денис Сечин]

Установить пакеты для которых они предназначены

Answer 3

[Максим Ярошевич]

А случайно до этого apt-get upgrade или apt-get dist-upgrade не сделаны? Если да - то текущая версия 4.4.0-93, соответственно autoremove пробует удалить старые версии.