Не будет ли это потом проблемой для меня при обновлении модулей или всей системы (хотя маловероятно что я стану ее обновлять)?
Если вам не составило проблем переписать под себя верстку, то и поправить что-то после обновления модулей проблем не должно составить.
Этот модуль через OCMOD добавляет в product.tpl дополнительные фрагменты кода, как мне добавить свои классы в него после того как были добавлены фрагменты кода модуля "Дополнительные вкладки"?
Я обычно в этом случае вношу правки в сам OCMOD модуля. Чтобы удобнее было с ним работать, устанавливаю их не через админку, а кладу в папку system