Как сказали выше - юзай консольные комманды. Для минимизации потребления памяти используй стриминговые хмл парсеры, для минимизаци нагрузки на бд юзай батч или пакетные вставки, обновления. Чтоб дать другим время - можеш слип вставить, но это всефигня, в многопроцессорных и многоядерных системах врядли один php процесс повесит систему так что жругие остановяться. Можно процесс занайсить.
Для запуска - крон. Так же есть короно-подобное решение для yii, увы не помню как называется, мы его юзаем - нареканий нет.