Денис Аникин: а в какой кодировке сохранены файлы, плюс в какой кодировке статьи хранятся в базе? Я думаю, надо с базой поиграть. Проблема определено в ней, а не в файлах.
Денис Аникин: у вас кракозябры именно там, где текст берется из базы. Можно попробовать перекодировать на пыхе. А еще попробовать пересохранить файлы в utf-8. Или изменить кодировку в бд на utf-8.