Как сделать это правильно?Да как угодно. Можете отформатировать, можете снести раздел, можете просто сделать его неактивным.
Можно ли отформатировать ее средствами самой Windows?Какими средствами вы будете форматировать не так важно.
Будут ли при этом какие либо проблемы?Тут уж к астрологам лучше обратиться, они проблемы точнее предсказывают.