arr2 = arr2.filter(e => !~arr.indexOf(e));
// facebook.com,ya.ru
Метод массива
filter() создаёт новый массив, в котором остаются только те элементы исходного, для которых функция проверки вернула true.
Внутри этой функции проверяем, есть ли очередной элемент в массиве arr: вернёт ли indexOf() что-то отличное от -1. Для короткой записи такой проверки удобно использовать побитовое НЕ
~
которое даст 0 в единственном случае, когда операнд равен -1. Его отрицание
!
даст true в том же единственном случае. Итого эта функция вернёт true только, если элемент не найден в массиве arr.