Если Ваш фрейм будет лежать в глубине DOM, у Вас не получится сделать его абсолютно поверх всех. Если на странице будут элементы с абсолютным позиционированием и z-index>0 они в любом случае будут ближе по Z чем фрейм.
Вы можете запустить, а точнее отобразить элемент в данном случае фрейм в полноэкранном режиме.
У ютуба как раз так и сделано, если с памятью моей ничего не сталось...
И второй вариант, какая разница, какая там у пользователя разметка. Перемещаем фрейм в конец body да и все. Ставим position:fixed... Ну и т.д.
Вот... Вроде бы нигде не ошибся.
P.S. Если надо, могу поискать "переключатель" для фуллскрина, недавно делал только сам.
UPD.
function toggleFullScreen() {
if (!document.webkitFullscreenElement) {
document.documentElement.webkitRequestFullscreen();
} else {
document.webkitExitFullscreen();
}
}
//т.е. во врейме тогда
$(document).ready(function(){
document.documentElement.webkitRequestFullscreen();
});
Ну это для webkit, а вообще полную документацию смотрите там есть обо всем.