Пример чтобы переименовать все .bak в файлы .old во вложенных директориях:
find /path/to/dir -type d -exec echo rename 's/\.bak$/.old/' {}/*.bak \;
Примечание: для отладки команды rename будут выводиться на экран из-за присутствия команды echo.
Отладив, можно убрать echo из команды и тогда переименование файлов выполнится действительно.
Читай руководства:
man find
man rename