При первоначальной настройке забыл их включить. Теперь, когда я перехожу к их настройке, при нажатии кнопки «Запустить проверку 'чистых' ссылок» страница перезагружается, и ничего не происходит. В логах пусто.
в бд можно их включить.
нет под рукой точно не скажу. но поиск в базе по системным таблицам дрюпала вас спасет. должно быть поле отвечающее за clean_urls.