Ответ найден, вешаем слушателя на клик мышки, а дальше все просто
label = LabelBuilder.create() // создание билдера для Label
.text("SomeText") // текстовое значение
.prefWidth(100) // возможная ширина
.prefHeight(50) // возможная высота
.alignment(Pos.CENTER) // выравнивание содержимого по центру
.layoutX(100) // задание коорд. Х
.layoutY(100) // задание коорд. Y
.style("-fx-background-color: orange;") // зарисуем фон в оранжевый
.build(); // создадим из билдера сам объект класса Label
pane.getChildren().add(label);