Предполагаю, что тень расчитывается в отдельный слой, который расположен "рядом" со слоем элемента. Но когда идет перерасчет по масштабу, для тени координаты считаются не от элемента, а от слоя при 100% размере. И так получаются погрешности, которые еще страшнее после округления.