Суть ответа при этом не меняется. При создании раздела вы либо знаете его IBLOCK_SECTION_ID и передаете в массив добавляемого раздела, либо новый раздел создается как корневой.
Вам нужно менять логику заведения разделов.
Что могу посоветовать: при создании раздела методом $bs->Add($arFields); возвращается ID созданного раздела, т.е. вот так: $sId = $bs->Add($arFields);
Этот ID и используйте как IBLOCK_SECTION_ID у внутрилежащих разделов.
Я так понимаю вы хотите получить ID родительского раздела? Так его в вашем случае не будет, потому что в массиве полей он у вас не задан. Ну а если был бы задан - то зачем его получать? Он уже итак был бы известен.