1) Продумайте категоризацию своей информации. Распишите на бумаге по каким свойствам товаров вы желаете группировку информации. Что будет таксономическими категориями, а что признаками без иерархического подразделения (тегами). Прочитайте документацию в кодексе по таксономиям WP и WOOC - там есть разница.
Если товары физические - лучше пользоваться WooCommerce. Если цифровые - я бы рекомендовал EDD плугин. Если курсы - LMS плугин.
2) Если магазин небольшой, можно все построить на Custom Post Types.
Более конкретно можно что-то сказать, глядя на тех. задание. Если что - обращайтесь.