Следует разграничить каталог исходников и каталог репозитория.
Каталог исходников держим в Dropbox. Каталог репозитория на каждой машине создаем вне Dropbox-а, внутрь кладем символическую ссылку на каталог исходников (на винде это mklink /j).
Например:

cd my_repo
mklink /j src /path/to/Dropbox/my_src

Каталог исходников автоматически синхронизируется на каждой машине, коммитим из каталога репозитория.