Если вёрстка генерируется как-то специфически на стороне node.js или возможны конфликты вёрстки чата и основного сайта, то просто подключите чат через фрейм.
Если нет, то не вижу проблемы чтобы среди скриптов сайта были скрипты обращающиеся к сокетам ноды.