Если через код, то можно такой вариант:
- добавить купон в админке с нужным процентом или суммой скидки;
- на странице чекаута добавить js скрипт, который по изменению метода оплаты на отвечающий условию, будет отсылать запрос на добавление купона (не wc-ajax=apply_coupon, а через wp_ajax, чтобы код купона не был на фронте), и затем на обновление чекаута ( $('body').trigger('update_checkout') )