Нормально, если в каждой папке в итоге немного файлов. Здесь не объем картинок важен (если диск позволяет), а количество. Бывает, что картинки раскидываются при создании по таким подпапкам автоматически. Если для разумного количества картинок в одной папке одного уровня подпапок не хватает, делают и больше. Тогда пригодится совет
Илья Белобородов для изменения структуры папок.
Для копирования в этой ситуации лучше подойдет rsync. Тем более, если проект действующий и картинки удаляются и добавляются.