10 лет разрабатываю JEE-приложения, и всегда конфигурация была слабее. В данный момент на работе уже 3 года веду разработку на ноутбуке, точно не помню какой процессор (пишу сейчас из дома), перед линейкой i3/5/7 выпускался, кажется Core 2. Памяти 3 Гб. Запускаю среду Idea, пару интсансов сервера JBoss, веб-сервер httpd, и даю на все это нагрузку в SOAPUi — десятки тысяч запросов посредством веб-сервисов, и все работает вполне себе неплохо. Пока идет нагрузочный тест без особых проблем работаю в Idea.
Дома i3 3000 ГГц, 4 ГБ памяти. Установлен MySQL, в базе сейчас порядка 300 тысяч записей (незапакованный дамп весит полгига). Сервера приложений правда нет. Запускаю из Idea свой софт, который достаточно интенсивно работает с базой, сам дальше программирую и запускаю другие разработки — вообще никаких намеков на тормоза.
Идите путем исключений: останавливайте поочередно все запущенные компоненты (сервер, среда разработки и т.д.), пока не заметите, что компьютер «задышал полной грудью», тогда поймете где проблема. В конце-концов, диспетчер задач ясно показывает кто ест память или процессор. Существует также немалая вероятность того, что JEE тут вообще ни при чем, а проблема в неисправном железе или покалеченной ОСи.