Если бездумно заменить одну таблицу на другую, то это вам не поможет. А индексы можно и в табличных частях справочника добавлять.
Скорее проблема не в данных, а в самом отчете. Возможно он без запроса лопатит всю базу в циклах для построчного вывода результатов в отчет. Возможно в запросах тихая жуть со множеством подзапросов в условиях, без учета индексируемых полей, параметров для виртуальных таблиц и просто без здравого смысла. Если это компоновка, то возможно для расчета некоторых из показателей используются медленные вызовы кривонаписанных функций из собственных программных модулей. Возможно часть информации получается с помощью ODBC из внешних далеко расположенных баз данных. Возможно в базе просто проблемы с блокировками вплоть до дедлоков... Гипотез много. Нужно анализировать.
P.S. Кстати, одна из причин использования непериодических регистров сведения, которые подчинены справочникам (в виде указания ведущим измерением), вместо обычных табличных частей - как раз борьба с блокировками, которые возникают при обычной работе пользователей в базе с формами этих справочников. Их продвигали в эпоху конфигураций 8.0-8.2, но в новых типовых конфигурациях вернулись назад к использованию табличных частей. Пример - контактная информация.
Средний
Простой
