Все довольно просто: Ubuntu считает оба шифра
одной клавишей, если в настройках хоткея он идет первым (например, как Shift + Alt L). Комбинация же считается завершенной только после того, как была зарегистрирована ее реализация, а после была отпущена хотя бы одна кнопка.
В первом случае, ОС сначала регистрирует нажатие шифта (одно, несмотря на то, что фактически нажат он дважды), после чего нажатие и поднятие ctrl/alt.
Во втором случае, ОС регистрирует нажатие шифта, потом ctrl/alt, и ждет, пока пользователь нажмет еще одну клавишу, или отпустит одну из нажатых. Но, так-как шифт не раздетяется ею на правый и левый, то нажатие второго никак не влияет на нее, она все еще думает, что зажато только две клавиши.
Честно не знаю, как можно исправить, можно покопать в сторону
разделения их в лэйауте клавиатуры.