Сайт падает иногда + при каждом посещении nginx выдает ошибку?

Question

[Дмитрий Морозов]

VPS с панелью VestaCP. nginx + php-fpm. Один сайт падает раз 5-7 в день, кратковременно (до 2 минут). Понять не могу почему. Памяти свободной 400мб+. Во время падения если зайти на сайт, то открывается около секунд 30, после этого при обновлении все как положено - быстро и далее сайт доступен.

Работает через cloudflare в режиме Flexible. Когда был режим Full падал еще чаще (раз в час, примерно в одно и тоже время)

В логах только по nginx нашел

2017/07/08 21:34:04 [crit] 6843#6843: *4954 open() "/home/admin/web/SITE.ru/public_html/" failed (13: Permission denied), client: 89.153.25.28, server: SITE.ru, request: "GET / HTTP/1.1", host: "www.SITE.ru"

Конфиг NGINX для домена

server {
   ....
   ....

    location / {

        if (!-e $request_filename) {
            rewrite ^/(.*)$ /index.php?q=$1 last;
        }

        location ~ [^/]\.php(/|$) {
            fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
            if (!-f $document_root$fastcgi_script_name) {
                return  404;
            }

            fastcgi_pass    127.0.0.1:9002;
            fastcgi_index   index.php;
            include         /etc/nginx/fastcgi_params;
        }
    }
    include     /home/admin/conf/web/nginx.site.ru.conf*;
}

в пуле php-fpm пользователь и группа заданые корректно, как и у директории/файлов сайта.

Answer 1

[sim3x]

/home/admin/web/SITE.ru/public_html/" failed (13: Permission denied

Answer 2

[4X_Pro]

Посмотрите, нет ли чего подозрительного в cron (причем как под rootом, так и под пользователем, от имени которого работает сайт), например, криво написанного скрипта для backup.