Я, допустим, куплю мультидоменный SSl и прикручу домены, но в определенный момент домен забанят или заберут, могу ли я заменить часть из этих доменов в рамках сертификата?
Интересует общая практика - как обычно это решается...
Нет. Ни буцовки в сертификате сменить нельзя. Зашифровано и защищено контрольной суммой. Решается забиванием болта на забаненый домен и исключением его при продлении, ну или же если прям надо срочно - перевыпуском сертификата с другими данными - но за полную стоимость.