А вам необходимо окна открывать или вкладки?
И еще — есть ли вариант чтобы юзер установи приложение, aka «Далее, Далее» (Или расширение/плагин к браузеру)
PS: То что вы хотите сделать, пускай и в благих целях (я надеюсь), есть необходимые меры безопасности принятые большинством разработчиков браузеров, как например отсутствие доступа напрямую к файловой системе, и интерфейсам ОС, предоставляемым обычным процессам.
Такие ограничения можно обойти, только через модификацию либо самих браузеров, через расширение/плагин, или через виртуализацию пользовательского поведения/ввода через другое приложение установленное пользователем в системе.
PPS: В любом случае поведение которого вы хотите добиться — плохое архитектурное решение.
Пробовал чтобы одно окно открывало другое, пробовал вложенные и наложенные дивы, с навешенным onclick на каждый, пробовал из флеша открывать, все блочится.
Проверил несколько методов, по-моему, проще пользователей научить отключать блокиратор. Сейчас с баннерами борятся прилично, и более одного окна на один эвент открыть не дают.