Дело в том, что
$("#id")
и
getElementById("id")
возвращают
совершенно разные структуры.
Вы сами можете проверить в консоли этой страницы, к примеру с айдишником
clarify_link_436984.
Первая возвращает объект jQuery:
Object { 0: <a#clarify_link_436984.btn.btn_link.btn_comments-toggle>, length: 1, context: HTMLDocument → 436984, selector: "#clarify_link_436984" }
Вторая - (не уверен в точности формулировки: ссылку DOM-элемент)
<a class="btn btn_link btn_comments-toggle" href="javascript:void(0)" id="clarify_link_436984" title="Написать комментарий" role="toggle_question_comments">
В экземпляре, возвращаемом первой инструкцией, метод innerHTML
не определен. Для этого в jQuery есть другие методы, работающие не с DOM-деревом напрямую, а с его представлением внутри jQuery (гуру фронтэнда, поправьте меня, если я не прав).
В общем, резюмируя: не путайте инструменты ;-)