Можно положить sql "на видное место" и редактировать там, можно git использовать, можно в phpmyadmin на одном серваке ковыряться... Уточните вопрос, в общем. И да, вместо Workbench-а советую DBeaver.
vyrkmod: насколько я понял вопрос, то автор хотел работать над ER-моделью БД совместно, в режиме реального времени, из коробки, без телодвижений. В этом смысле ни одно Ваше предложение не соотносится с вопросом и выглядит как реклама неподходящего инструмента. Без обид. Я не слышал о подобном функционале на рынке. Навикат клауд - это единственный инструмент, который, по крайней мере, намекнул на сабж.