Надо велеть апачу дергать index.php если по урлу ничего нет. Как-то так

<Directory "/var/www/html/site">
    RewriteEngine on
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
    RewriteRule . index.php
</Directory>

tar -zcvf mein_dir.tar.gz --exclude mein_dir/images --exclude mein_dir/.htaccess mein_dir

Или вроде того.

$result[$l['hero_id']][] = [
    'script_name' => $l['script_name'],
    'hero_script_id' => $l['hero_script_id'],
    'hero_name' => $l['hero_name'],
    // и всё остальное
]

Смотрим "возвращаемые значения" здесь, хлопаем себя по лбу и вместо "$result->fetch_assoc()" пишем "mysql_fetch_assoc($result)". А вообще, расширение mysql давным давно помечено как устаревшее, вместо него следует использовать mysqli или PDO.