если не нужно делать никакиз сводных отчетов даже в перспективе, то в принципе без разницы. только не уодбно пользоваться множеством таблиц. нужно написать дополнительный слой для того чтобы ими управляться. если предпологаються какие то сводные отчеты (по нескольким сайтам сразу) то однозначно в одной табличке
В перспективе там будут миллиарды записей :)
Если вы используете для авторизации куки и некий ИД, то самый худший для вас случай, когда юзер не поддерживает куки вообще, т.о. каждый запрос - уникальный юзер.