"Общие" переменные обычно настраивают один раз - в .bashrc или .bash_profile (первый выполняется только при логине, второй - любым шеллом). Установка переменной порождает ее для текущего сеанса и всех порожденных им процессов, как только шелл завершился - все переменные стерлись :)
Чтобы этого не происходило, используют команду export:
PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:/usr/local/lib32/pkgconfig:/usr/lib/pkgconfig:/usr/lib32/pkgconfig; export PKG_CONFIG_PATH
LD_LIBRARY_PATH задается подобным образом. Только
крайне не рекомендуется использовать относительные пути - вместо ~ лучше напишите полный путь к домашке