Если Вы хотите изменить именно толщину частей, то вам надо смотреть 65-67 строки js:
this.arc = d3.svg.arc()
.outerRadius(radius * 0.8)
.innerRadius(radius * 0.4);
outerRadius - величина внешнего круга
innerRadius - величина внутреннего круга
Разница между ними и есть диаграмма.
Например, диаграмма без дырки будет:
this.arc = d3.svg.arc()
.outerRadius(radius * 0.8)
.innerRadius(radius * 0);