Команда
set /p
хороша для ввода текста (и требует нажатия ввода в конце).
Для простого подтверждения есть вот такое:
choice /t 5 /d N /m "Would you like to install ... package?"
if errorlevel 2 goto sub noinstall
if errorlevel 1 goto sub install
Где /t задает время ожидания ввода, /d - значение по умолчанию (которое будет выбрано через 5 секунд, если не ввести ничего, /m задает сообщение. Ну а дальше следует проверка значения результата (Y-1, N-2) и переход на метку.