Смотря, какое расширение. AdBlock, например, детектируют вполне успешно по косвенным признакам.
В большинстве случаев, конечно, определить это нельзя, но в некоторых можно.
Нужно очень хорошо знать специфику работы расширения и что конкретно оно делает со страницей.