1. Выкидываешь винды в форточку.
2. Забываешь про FTP, как про страшный сон.
3. Подключаешься к серверу по SFTP.
4. Выкачиваешь его к себе на диск.
5. Поднимаешь Vargant или что там по вкусу - для тестирования того, что делаешь.
6. А уж как деплоить и подтягивать изменения, которые сделал кто-то другой - рецептов валом на любой вкус. Лучше, конечно, сделать принуждение к git-у, но если никак не получается - конкретные папки можно и meld-ом сравнить (если, конечно, первые 3 пункта выполнены).