Чтобы найти все места где используется метод, функция, класс, переменная - Alt + F7
https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/2017.1/fin...
а по поводу зависимости от файла, тут скорее всего ты как то не стандартно делаешь проект. В нормальном проекте не используются require / require_once более чем 1 раз. 1 раз просто делается require_once __DIR__ . '/vendor/autoload.php' и всё далее работает psr0 / psr4 и если пользуешься нормальной IDE ( PHPStorm ) то достаточно просто навигацией по через ctrl + клик и изредка Alt + F7
Вообще странно я каждый день на PHP работаю и у меня почти ни когда не возникало потребности понять какие файлы используют этот. я думаю у тебя какой-то очень редкий и специфичный кейс и под это врядли будут какие-то готовые инструменты