Существует возможность прописать разные ключи для разных хостов, это да. Как это сделать - гугл покажет множество мануалов.
А коммиты вы делаете от юзера в системе, который собственно и делает эти коммиты. Т.е. коммиты и подключение по SSH никак не связаны между собой.
Вам проще завести двух юзеров и разными ключами, и делать эти коммиты раздельно от разных юзеров.
Только вот зачем ?